Rumah Merdeka terletak di belakang Hotel Royale, Jalan Putera, Alor Setar. Pada 27 Mei, 1966 rumah ini dijadikan tempat pertemuan rombongan Misi Muhibah Indonesia. Diketuai oleh Laksamana Muda Laut, Omar Bakri Staf dengan Yang Teramat Mulia Tunku Abdul Rahman Putra Al-Haj (Perdana Menteri Malaysia Pertama) bagi menamatkan Konfrantasi Malaysia-Indonesia pada tahun 1963. Hasilnya satu perjanjian telah ditandatangani pada 11 Ogos, 1966 di Kuala Lumpur.