Kota Kuala Kedah terletak di sebelah kanan muara Sungai Kedah. Kedudukannya betul-betul di dalam Kampung Seberang Kota, kira-kira 11.6km dari bandar Alor Setar. Mulanya Kota Kuala Kedah dibina daripada tanah lumpur. Ianya menjadi tapak kubu yang tertua di Malaysia. Kanan muara Sungai Kedah dijadikan benteng pertahanan juga mengawal jajahan takluknya termasuklah jalan darat yang merentasi ke Telok Siam.

Dato Maharaja Kadhi Syeikh Abdul Jalil telah ditugaskan untuk membuat reka bentuk bangunan kota itu. Kerja-kerja pembinaan kota itu bermula pada 10 Safar 1185 (bulan Mei 1771). Kota ini siap dalam tahun 1194H (1780M).